Прафесійную кар’еру пачаў у клубе «Сентраль Эспаньёл», адкуль перайшоў у клуб «Пеньяроль». 2 лютага 2009 года ігрок быў выкуплены італьянскім клубам «Палерма», дзе на той момант гуляў яго суайчыннік Эдынсан Кавані. Дэбютаваў за новы клуб 15 сакавіка, выйшаўшы на замену Кавані ў матчы супраць «Лечэ».
1 верасня 2014 года за 10 млн фунтаў, што з’яўляецца клубным рэкордам, перайшоў у англійскі «Хал Сіці». У дэбютным матчы супраць «Вест Хэма» забіў гол, а сустрэча скончылася ўнічыю 2:2. Па заканчэнні сезона 2017/18 «Хал Сіці» прапанаваў нападніку новы кантракт, аднак бакі не здолелі дамовіцца і было абвешчана, што Эрнандэс пакідае клуб.
У жніўні 2018 года падпісаў трохгадовы кантракт з маскоўскім ЦСКА[4]. У маі 2019 года па пагадненні бакоў пакінуў сталічны клуб[5].
У жніўні 2019 года далучыўся да катарскага клуба «Аль-Ахлі». У жніўні 2020 года адправіўся ў Бразілію, стаўшы іграком «Інтэрнасьянала», а ў красавіку 2021 года перайшоў у «Флуміненсі». Сезон 2022 правёў у мексіканскім «Атлетыка Сан-Луіс», у студзені 2023 года вярнуўся ў «Пеньяроль».
Уругвай
Пеньяроль
Медыяфайлы на Вікісховішчы
На Вікісховішчы ёсць медыяфайлы па тэме Абель Эрнандэс
