У сярэдзіне 1972 года Эйтан быў прызначаны камандзірам кадраванай бранятанкавай дывізіі «Гааш» Паўночнай ваеннай акругі. Адначасова ён працягваў вучобу на факультэце палітычных навук у Хайфаўскім універсітэце.
Вайна Суднага дня, якая пачалася 6 кастрычніка 1973 года, заспела Рафуля на пасадзе камандуючага дывізіяй «Гааш» на Галанскіх вышынях. Вырашальнае наступленне сірыйцы разгарнулі на трэці дзень вайны, калі ўвялі ў бой усе свае танкавыя рэзервы. Фактычна ўсё сірыйскае войска было кінута ў бітву за Галанскія вышыні. Эйтан адыграў сур’ёзную ролю ў адбіцці націску сірыйцаў, якія кінулі ў бой нашмат праўзыходныя сілы. Нягледзячы на колькасную і якасную перавагу сірыйцаў у тэхніцы, дэсантнікі Рафуля скончылі вайну на подступах да Дамаска.
Па заканчэнні баявых дзеянняў Эйтан быў прызначаны камандуючым Паўночнай акругай.
У 1978 годзе Рафаэлю Эйтану прысвойваецца званне генерал-лейтэнанта і ён прымае пасаду начальніка генеральнага штаба Арміі Абароны Ізраіля. Яго прызначэнне было для многіх нечаканасцю, але кіраўнік апазіцыі Шымон Перэс ухваліў выбар міністра абароны Эзэра Вейцмана.
Эйтан праслужыў начальнікам генеральнага штаба пад кіраўніцтвам чатырох міністраў абароны, якія змянялі адзін аднаго — Эзэра Вейцмана, Менахема Бегіна, Арыэля Шарона і Машэ Арэнса. На гэтай пасадзе ён перажыў асабістую трагедыю: яго сын Ёрам, маёр ізраільскіх ВПС, загінуў падчас вучэнняў, увайшоўшы ў штопар на сваім «Фантоме». Трагедыя здарылася на поўдні краіны ў 1981 годзе.