Чарапашкі-мутанты Леанарда, Данатэла, Рафаэль і Мікеланджэла з дапамогай іх настаўніка, шчура-мутанта Сплінтэра, які ў мінулым быў майстрам ніндзя і з рэпарцёрам Эйпрыл О’Ніл змагаюцца са злом у асобе абліччы Крэнга з Вымярэння Ікс і яго саюзнікам, ніндзя Шрэдэрам, даўнім ворагам Сплінтэра і многімі іншымі злачынцамі. Па ўвесь серыял у Чарапашак з’яўляецца не толькі шмат ворагаў, але і саюзнікаў — барца са злачыннасцю Кейсі Джонсам, вядомым сваімі жорсткімі метадамі, каманду падлеткаў Нейтрына з Вымярэння Ікс, супергероя Чалавека-жука, падлетка Зака, маладога матацыкліста Картэра і адважных жаб-панкаў.