Bowtie (аналіз паслядоўнасцей)

З пляцоўкі Вікіпедыя
Jump to navigation Jump to search

Bowtie — гэта праграма для выроўнівання паслядоўнасцей, якая шырока выкарыстоўваецца ў біяінфарматыцы. Праграма напісана калектывам аўтараў на чале з Бэнам Лангмэдам (Ben Langmead) у 2009 годзе [1] і апублікавана на SourceForge ад імя Універсітэта Мэрылэнда. Bowtie, у асноўным, выкарыстоўваецца для выроўнівання кароткіх прачытанняў на вялікіх рэферэнсных геномах. Аўтар характарызуе сваю праграму як «надзвычайна хуткую, з эфектыўным выкарыстоўваннем памяці, праграмму для выроўвання кароткіх паслядоўнасцей ДНК».[2] 16 кастрычніка 2011 года распрацоўшчыкі выпусцілі даччын праект Bowtie 2[3], які, на 30 траўня 2014 года, маў версію 2.2.3.

Знешнія рэсурсы[правіць | правіць зыходнік]

Спасылкі[правіць | правіць зыходнік]

  1. Langmead, Ben; Cole Trapnell; Mihai Pop; Steven L Salzberg (4 March 2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome". Genome Biology 10 (3): 10:R25. doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25. PMID 19261174. PMC: 2690996. http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2009-10-3-r25.pdf. Retrieved on 29 November 2013. 
  2. Bowtie: An ultrafast, memory-efficient short read aligner - SourceForge. Праверана 29 лістапада 2013.
  3. Bowtie 2: Fast and sensitive read alignment [1] Retrieved 8 February 2014.
Wiki letter w.svg На гэты артыкул не спасылаюцца іншыя артыкулы Вікіпедыі,
калі ласка, карыстайцеся падказкай і пастаўце спасылкі ў адпаведнасці з прынятымі рэкамендацыямі.