Самцы імператарскага пінгвіна дасягаюць росту 122 см і важаць у сярэднім 35-40 кг, але максімальная вага самца можа дасягаць 45 кг. Самкі дасягаюць 114 см росту і 28-32 кг вагі. Гэта самы буйны з усіх сучасных пінгвінаў. Мускульная маса імператарскага пінгвіна таксама з’яўляецца самай вялікай з усіх відаў птушак (у асноўным за кошт грудных мускулаў). Апярэнне імператарскага пінгвіна на спіне чорнае, а на грудзях белае, што робіць яго ў вадзе менш прыкметным для ворагаў. Пад шыяй і на шчоках у яго жоўта-аранжавая афарбоўка. Птушаняты пакрытыя белым або шаравата-белым пухам.
