Пасля вываду савецкіх войскаў ў 1989 годзе мула Амар стаў імамам заснаванай ім жа мячэці ў вёсцы Сангсар у акрузе Майванд на захад ад Кандагара.
Кіраўнік Афганістана (у перыяд Ісламскага Эмірата) з 1996 па 2001 год. За час свайго кіравання Мухамед Амар практычна не пакідаў сваёй рэзідэнцыі ў Кандагары, які зрабіўся за гэтыя гады неафіцыйнай сталіцай Афганістана; у Кабуле ён з’яўляўся толькі чатыры разы.
Па дадзеных амерыканскай разведкі, ён хаваўся ў горадзе Квета, дзе быў забіты.