Аўтрон

Аўтрон — гэта нуклеатыдная паслядоўнасць на 5'-канцы першаснага транскрыпта гена, якая выдаляецца з дапамогай спецыяльнай формы РНК сплайсінгу падчас паспявання канчатковай мРНК.^[1] У той час як паслядоўнасці інтронаў знаходзяцца ўнутры гена, паслядоўнасці аўтронаў знаходзяцца па-за генам.^[2]

Характарыстыка[правіць | правіць зыходнік]

Аўтрон — гэта інтронападобная паслядоўнасць, якая валодае аналагічнымі характарыстыкамі, такімі як GC-састаў^[3] і акцэптарны сайт сплайсінгу, які з’яўляецца сігналам для транс-сплайсінгу.^[4]^[5] Такі сайт транс-сплайсингу па сутнасці вызначаецца як акцэптарны (3') сайт зрошчвання без донарскага (5') сайта сплайсінгу вышэй па ланцугу.

У эўкарыёт, такіх як эўгленазоі, дынафлагеляты, губкі, нематоды, кнідарыі, грабневікі, плоскія чарвякі, ракападобныя, шчацінкавасківічныя, калаўроткі і тунікаты, даўжыня сплайсаваных лідарных (SL) аўтронаў вагаецца ад 30 да 102 нуклеатыдаў з экзонам SL даўжыня ад 16 да 51 нуклеатыда, а поўная даўжыня SL РНК — ад 46 да 141 нуклеатыда.^[3]

Працэсінг[правіць | правіць зыходнік]

Падчас стандартнага цыс-сплайсінгу патрабуецца донарскі сайт сплайсінгу ў верхнім становішчы (5') разам з акцэптарным сайтам, размешчаным у ніжнім становішчы (3') той жа малекулы прэ-РНК. Наадварот, транс-сплайсінг SL абапіраецца на 3'-акцэптарны сайт сплайсінгу на аўтроне і 5'-донарны сайт сплайсінгу (дынуклеатыд GU), размешчаны на другой малекуле РНК, SL РНК.^[3] Больш за тое, аўтрон першаснай мРНК утрымлівае адэназін у кропцы разгалінавання — за якім ідзе поліпірымідзінавы тракт, які ўзаемадзейнічае з інтронападобнай часткай SL РНК, утвараючы разгалінаваны Y-падобны пабочны прадукт, які нагадвае структуру ласо, утвораны падчас сплайсінгу інтронаў. Затым ядзерная бялковая машынерыя раздзяляе гэтую разгалінаваную структуру шляхам транс-сплайсінгу паслядоўнасці SL РНК да 3' транс-сплайсінгавага акцэптарнага сайта (AG дынуклеатыд) прэ-мРНК.^[2]

Калі аўтроны апрацоўваюцца, SL-экзон падвяргаецца транс-сплайсінгу ў асобныя няпарныя акцэптарныя сайты ніжэй, побач з кожнай адкрытай рамкай счытвання поліцыстроннай прэ-мРНК, што прыводзіць да асобных спелых кэпіраваных транскрыптаў.^[6]^[7]^[8]

Гл. таксама[правіць | правіць зыходнік]

Экзон — Вобласць транскрыбіруемага гена, якая прысутнічае ў саставе канчатковай функцыянальнай малекуле мРНК
Матрычная РНК — РНК, якая счытваецца рыбасомай дзеля прадукцыі бялка

Спасылкі[правіць | правіць зыходнік]

↑ Conrad, Richard; Fen Liou, Ruey; Blumenthal, Thomas (1993-02-25). "Functional analysis of a C. elegans trans-splice acceptor". Nucleic Acids Research [англійская]. 21 (4): 913–919. doi:10.1093/nar/21.4.913. ISSN 0305-1048. PMC 309224. PMID 8451190.
↑ ^а ^б Stover, Nicholas A.; Kaye, Michelle S.; Cavalcanti, Andre R. O. (2006-01-10). "Spliced leader trans-splicing". Current Biology [English]. 16 (1): R8–R9. doi:10.1016/j.cub.2005.12.019. ISSN 0960-9822. PMID 16401417.{{cite journal}}: Папярэджанні CS1: невядомая мова (link)
↑ ^а ^б ^в Lasda, Erika L.; Blumenthal, Thomas (2011-05-01). "Trans-splicing". Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA [англійская]. 2 (3): 417–434. doi:10.1002/wrna.71. PMID 21957027. S2CID 209567118.
↑ Oxford reference — Outron (нявызн.). Праверана 26 September 2019.
↑ The MISO Sequence Ontology Browser — Outron (SO:0001475) (нявызн.). Праверана 26 September 2019.
↑ Clayton, Christine E. (2002-04-15). "Life without transcriptional control? From fly to man and back again". The EMBO Journal [англійская]. 21 (8): 1881–1888. doi:10.1093/emboj/21.8.1881. ISSN 1460-2075. PMC 125970. PMID 11953307.
↑ Blumenthal, Thomas; Gleason, Kathy Seggerson (February 2003). "Caenorhabditis elegans operons: form and function". Nature Reviews Genetics [англійская]. 4 (2): 110–118. doi:10.1038/nrg995. ISSN 1471-0056. PMID 12560808. S2CID 9864778.
↑ Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R (March 2016). "Evolutionary Insights into RNA trans-Splicing in Vertebrates". Genome Biology and Evolution. 8 (3): 562–77. doi:10.1093/gbe/evw025. PMC 4824033. PMID 26966239.

[Conrad19932-1] Conrad, Richard; Fen Liou, Ruey; Blumenthal, Thomas (1993-02-25). "Functional analysis of a C. elegans trans-splice acceptor". Nucleic Acids Research [англійская]. 21 (4): 913–919. doi:10.1093/nar/21.4.913. ISSN 0305-1048. PMC 309224. PMID 8451190.

[Stover20062-2] а ^б Stover, Nicholas A.; Kaye, Michelle S.; Cavalcanti, Andre R. O. (2006-01-10). "Spliced leader trans-splicing". Current Biology [English]. 16 (1): R8–R9. doi:10.1016/j.cub.2005.12.019. ISSN 0960-9822. PMID 16401417.{{cite journal}}: Папярэджанні CS1: невядомая мова (link)

[Lasda20112-3] а ^б ^в Lasda, Erika L.; Blumenthal, Thomas (2011-05-01). "Trans-splicing". Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA [англійская]. 2 (3): 417–434. doi:10.1002/wrna.71. PMID 21957027. S2CID 209567118.

[4] Oxford reference — Outron (нявызн.). Праверана 26 September 2019.

[5] The MISO Sequence Ontology Browser — Outron (SO:0001475) (нявызн.). Праверана 26 September 2019.

[Clayton20022-6] Clayton, Christine E. (2002-04-15). "Life without transcriptional control? From fly to man and back again". The EMBO Journal [англійская]. 21 (8): 1881–1888. doi:10.1093/emboj/21.8.1881. ISSN 1460-2075. PMC 125970. PMID 11953307.

[Blumenthal20032-7] Blumenthal, Thomas; Gleason, Kathy Seggerson (February 2003). "Caenorhabditis elegans operons: form and function". Nature Reviews Genetics [англійская]. 4 (2): 110–118. doi:10.1038/nrg995. ISSN 1471-0056. PMID 12560808. S2CID 9864778.

[Lei20162-8] Lei Q, Li C, Zuo Z, Huang C, Cheng H, Zhou R (March 2016). "Evolutionary Insights into RNA trans-Splicing in Vertebrates". Genome Biology and Evolution. 8 (3): 562–77. doi:10.1093/gbe/evw025. PMC 4824033. PMID 26966239.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]