У лютым 1939 нямецкія палітыкі сталі пераконваць славацкіх палітыкаў абвясціць незалежнасць Славакіі. 9 сакавіка 1939 года часткі чэхаславацкай арміі, верныя пражскім ураду, занялі тэрыторыю Славакіі і адхілілі Ціса ад улады. 13 сакавіка 1939 Гітлер прыняў Ціса ў Берліне і фактычна прымусіў яго аб'явіць аб незалежнасці Славакіі пад патранатам Трэцяга рэйха. 14 сакавіка 1939 славацкі парламент абвясціў незалежнасць, а на наступны дзень нямецкія войскі акупавалі Чэхію. Ціса стаў прэм'ер-міністрам, а 26 кастрычніка 1939 г — прэзідэнтам.
3 лістапада 1941 Ціса наведаў акупаваны немцамі Кіеў. У выніку няўдалага замаху на Ціса быў знішчаны Успенскі сабор Кіева-Пячэрскай лаўры (Ціса пакінуў сабор на 1 гадзіну раней, чым разлічвалі дыверсанты). Знішчэнне сабора савецкая прапаганда доўгі час прыпісвала немцам.
Ціса спрабаваў быць умераным прэзідэнтам і часта канфліктаваў з адкрыта пранямецкім урадам Войцеха Тукі. Тым не менш, Ціса не хаваў свае антысеміцкія погляды і 15 мая 1942 года падпісаў закон аб дэпартацыі яўрэяў. Гэты закон дзейнічаў паўгады, і да 1944 года дэпартацыі не аднаўляліся. За 1942 з Славакіі было дэпартавана 57 628 яўрэяў; з іх, згодна з даступных дадзеных, выжылі толькі 280—800 чалавек.
У красавіку 1945 Ціса збег у Баварыю, дзе быў 6 чэрвеня 1945 года затрыманы амерыканскай арміяй і выдадзены Чэхаславакіі. Быў прысуджаны да павешання за дзяржаўную здраду. 18 красавіка 1947 г. прысуд быў прыведзены ў выкананне.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
На Вікісховішчы ёсць медыяфайлы па тэме Ёзаф Ціса
