7 чэрвеня 2000 года быў абраны дэпутатам ад горада Буэнас-Айрэс, ад партыі меншасці «Acción por la República», якую ўзначальваў Дамінга Кавалья, міністр эканомікі ў адміністрацыі Фернанда дэ ла Руа. Ён адмовіўся ад гэтага месца пасля прызначэння яго кіраўніком урада. Гэтую пасаду ён захоўваў да ліпеня 2008 года.
18 мая 2019 года быў вылучаны на пасаду прэзідэнта краіны на выбарах 27 кастрычніка 2019 года. Выбары ў Аргенціне праходзілі на фоне маштабнай незадаволенасці палітыкай Маўрысіа Макры, пры яго праўленні ўзровень інфляцыі дасягнуў за год 56 %, а колькасць тых, хто жыве за рысай беднасці, перавысіла траціну насельніцтва (35 %). 28 кастрычніка 2019 года было абвешчана пра перамогу Фернандэса ў першым туры[3].
Перамога Фернандэса азначае, што экс-кіраўнік краіны Крысціна Фернандэс дэ Кіршнер стане віцэ-прэзідэнтам. Кіршнер кіравала Аргенцінай са снежня 2007 года па снежань 2015 года. Пасля перамогі Макры на яе завялі крымінальную справу аб дзяржаўнай здрадзе. Па версіі следства, яна і яе прыхільнікі нібыта пакрывалі імавернага замоўніка тэракту ўлетку 1994 года ў будынку Аргенцінскага яўрэйскага культурнага цэнтра ў Буэнас-Айрэсе. Гэта быў самы маштабны тэракт у гісторыі Аргенціны: тады загінулі 85 чалавек, звыш 250 атрымалі раненні.