5 кастрычніка 1862 Мітрэ быў абраны прэзідэнтам Рэспублікі Аргенціна. Было дасягнута нацыянальнае палітычнае адзінства.
Пачаўся перыяд ўнутранага прагрэсу і рэформаў, які закрануў чыгуначную сістэму, арганізацыю войска, распаўсюджванне адукацыі на ўсіх узроўнях, удасканаленне паштовай службы, арганізацыі Вярхоўнага суда, валюты, рэгуляванне доўгу, была прынятая метрычная сістэма мер і заснаваны грамадскі крэдыт. Ён быў арганізатарам і першым галоўнакамандуючым у Вайне траістага саюза (парагвайскага вайна), дзе Аргенціна, разам з Бразіліяй і Каларада Уругвай, уварваліся ў Парагвай.