Яшчэ пры жыцці бацькі, у 1625 годзе, ён быў каранаваны каралём Венгрыі, а ў 1627 годзе і каралём Багеміі, тым не менш імператар зусім не даваў яму актыўна ўмешвацца ў справы. Толькі ў апошнія гады жыцця бацькі, асабліва пасля смерці Валенштэйна, Фердынанд III выступае на ніву палітычнай дзейнасці.
Фердынанд у 1637 годзе заняў імператарскі прастол пасля смерці бацькі, цалкам бесперашкодна, збольшага дзякуючы папулярнасці, якую ён набыў сабе Нёрдлінгенскай перамогай. Ён менш падпарадкоўваўся езуітам, чым яго бацька, але тым не менш, нягледзячы на жаданне скончыць бясконцую і спусташальную вайну, доўга не згаджаўся нават на самыя сціплыя саступкі пратэстантам.
У 1647 годзе Фердынанд ледзь не патрапіў у палон да шведскага правадыра партызанаў-наезнікаў Гельмгольда Урангеля, яго паспелі выратаваць з вялікай цяжкасцю.
У 1648 годзе Фердынанд нарэшце пагадзіўся на складанне Вестфальскага міру, які падараваў вядомыя правы пратэстантам (рэфарматам і лютэранам). Вызваліць свае ўладанні ад блукаўшых там і сям ваенных і разбойніцкіх шаек Фердынанду атрымалася толькі ў 1654 годзе. Валадаранне яго ва ўнутранай гісторыі імперыі прайшло бясследна. Ён быў здольным музыкантам і кампазітарам.