Актыўны ўдзельнік барацьбы супраць княжацкай Рэфармацыі ў Германіi, якая падрывала пазіцыі імператарскай улады. Разам з тым, прыхільнік памяркоунай рэформы каталіцкай царквы, схіляўся да кампрамісу з пратэстантамі i гусітамі, на Трыдэнцкім саборы (1545—1563) спрабаваў дабіцца скасавання цэлібату i надання міранам права прычашчацца з чашы. Адзін з ініцыятарау заключэння Аўгсбургскага рэлігійнага міру 1555.
Як кіраўнік Аўстрыі, Багеміі і Каралеўскай Венгрыі, Фердынанд прыняў палітыку цэнтралізацыі і, агульнага з іншымі манархамі свайго часу, будаўніцтва абсалютнай манархіі. У 1527 ён выдаў канстытуцыю для сваіх спадчынных абласцей і ўсталяваў палітыку на аўстрыйскі лад у Прэсбургу для Венгрыі, у Празе для Багеміі, і ў Брэслау для Сілезіі. Апазіцыя ў тых царствах вымусіла Фердынанда саступіць незалежнасць гэтых устаноў ад назірання Аўстрыйскім урадам (1559).
У 1547 войскі Багеміі, паўсталі супраць Фердынанда пасля таго, як ён загадаў, ім выступіць супраць нямецкіх пратэстантаў. Пасля захопу Прагі з дапамогай іспанскіх сіл яго брата Карла V, ён прыняў зваротныя меры, абмяжоўваючы прывілеі гарадоў Багеміі і ўстанаўліваючы новую бюракратыю каралеўскіх службовых асоб, для кіравання гарадскімі ўладамі. Фердынанд быў выступаў супраць пераўтварэнняў. Дапамагаў каталіцкай царкве весці вайну супраць пратэстанства. Напрыклад, у 1551 ён запрасіў езуітаў у Вену, і ў 1556 у Прагу. Нарэшце, у 1561 Фердынанд аднавіў Мітраполію Прагі, якая была папярэдне ліквідаваная з-за поспеху пратэстантаў. Фердынанд памёр у Вене, пахаваны ў Празе.
На венскім кангрэсе 1515, у выніку дыпламатычнай місіi Мікалая Радзівіла (сына Мікалая Старога), які атрымаў за гэта тытул імперскага князя, дасягнутая дамоўленасць аб шлюбе Фердынанда з Ганнай Ягелонкай, дачкой чэшскага i вянгеpскага каpаля Уладзіслава Ягелона, унучкай Казіміpа (шлюб заключаны ў 1521), i аб магчымасці пераходу Чэхіi i Венгpыі ад Ягелонаў да Габсбургаў. Жыгімонт II Аўгуст быў двойчы (1543—1545 i з 1553) жанаты з дачкамі Фердынанда i Ганны Ягелонкі: Лізаветай (1526—1545) i Кацярынай (1533—1572), адным з ініцыятараў гэтых шлюбаў быў Мікалай Радзівіл Чорны. Пасля разгрома Венгрыі туркамі пры Мохачы ў 1526 i гібелі свайго швагра Людовіка II Ягелона Фердынанд абраны каpалём Чэхіi i Венгpыі, што выклікала серыю грамадзянскіх войн паміж прыхільнікамі яго i венгерскага магната Янаша Запальяі, таксама абранага венгерскім каралём i падтрыманага Польшчай. Жорстка падавіу рух за незалежнасць Чэхіi, спрыяў кансалідацыі спадчынных уладанняў аўстрыйскіх Габсбургаў у адзіны дзяржаўны комплекс. Карыстаўся папулярнасцю ў «сепаратысцкай» часткі беларуска-літоўскага грамадства, якая бачыла ў Габсбургах процівагу Польшчы. Яго паслы ў Вільні у 1528 адзначалі, што літоўскія паны-рада больш спрыяюць Габсбургам, чым палякі, апрача Канстанціна Астрожскага, які сімпатызаваў Запальяі. Выхадцы з ВКЛ непасрэдна ўдзельнічалі ў ваенных дзеяннях на баку Фердынанда, як, напрыклад, I. Перасветаў, які ў 1535 быў нават яго паслом да малдаўскага гаспадара Пятра Рарэша. У 1532Iлья Астрожскі, насуперак рашэнням сойму ВКЛ, прапаноўваў Фердынанду выставіць уласныя ўзброеныя атрады для вайны з Турцыяй. У 1535—1539 у батанічным садзе Фердынанда ў Празе працаваў Ф. Скарына, па некаторых звестках, быў яго асабістым урачом.