У 1895 годзе ён стаў прэм'ер-міністрам і сфармаваў уласны кабінет, які складаўся з радыкал-сацыялістаў. Урад Буржуа надаваў ўвагу пераважна сацыяльным пытанням і склаў уласную сацыяльную праграму, фінансаваць якую меркавалася за кошт прагрэсіўнага падаходнага падатку. Гэта прапанова была сустрэта ў штыкі, і ў красавіку 1896 года ён сышоў у адстаўку.
У 1899 і ў 1907 годзе ён узначаліў французскую дэлегацыю на Гаагскіх канферэнцыях. а ў 1906 годзе, будучы міністрам замежных спраў, прадстаўляў Францыю на канферэнцыі ў Альхесірасе. Буржуа з'яўляўся членам камісіі па складанні статута Лігі Нацый, а ў 1920 годзе быў абраны старшынёй Савета Лігі. У тым жа годзе за намаганні па сцвярджэнню міру сродкамі арбітражу ён быў удастоены Нобелеўскай прэміі міру. З 1920 па 1923 год займаў пасаду старшыні Сената.
