Клуб быў створаны пад назвай «Палессе» ў 1987 годзе. З 1995 па 2005 гады выступаў у Вышэйшай лізе Беларусі пад назвай МПКЦ (Мазырскі Прамыслова-Камерцыйны Цэнтр), а з 1998 года — «Славія». Спыніў існаванне пасля няўдалага для клуба сезона 2005 года, які скончыўся вылетам у Першую лігу.
У пачатку 2006 года, у выніку аб’яднання гомельскага ЗЛіНа і «Славіі» быў створаны новы клуб – «Мазыр-ЗЛІН». Пры аб’яднанні за аснову была ўзята каманда ЗЛіН, пры гэтым новы клуб ствараўся ў Мазыры на матэрыяльнай базе «Славіі», што спыніла існаванне. З пачатку 2007 года клуб выступаў пад назвай «Мазыр». Па заканчэнні сезона 2007 кіраўніцтвам горада было вырашана вярнуць камандзе назву «Славія-Мазыр». У 2011 годзе клуб заняў першае месца ў Першай лізе чэмпіянату Беларусі і заваяваў права выступаць у наступным сезоне ў Вышэйшай лізе.
У Вышэйшай лізе «Славія» не паказвала добрых вынікаў. У сезоне 2012 мазырскі клуб доўгі час ішоў у зоне вылету, але сумеў пазбегнуць яго, заняўшы 10 месца. У сезоне 2013 «Славія» хутка апынулася на апошнім радку і, нягледзячы на неблагую гульню ўлетку, не змагла яго пакінуць. У выніку каманда зноў вылецела ў Першую лігу.
У сезоне 2014 змяніўся амаль увесь склад каманды. Новы галоўны трэнер Юрый Пунтус зрабіў стаўку на шэраг ветэранаў і перспектыўных маладых ігракоў (многія перайшлі да Пунтуса з яго былога клуба — «Смалявічаў-СТІ»). У выніку «Славія» хутка стала аднім з лідараў лігі. У сярэдзіне сезона мазыране разам з мікашэвіцкім «Гранітам» значна адарваліся ад канкурэнтаў. Гарантаваўшы за некалькі тураў да фінішу вяртанне ў Вышэйшую лігу, «Славія» саступіла першае месца «Граніту».
У сезоне 2015 «Славія» захавала склад папярэдняга сезона, узмацніўшыся шэрагам маладых ігракоў з ніжэйшых ліг. Каманда добра пачала выступ у Вышэйшай лізе, апынуўшыся ў сярэдзіне табліцы. У многім гэта адбылося дзякуючы высокім бамбардзірскім паказчыкам нападніка мазыран Дзяніса Лапцева, які ў 13 матчах здолеў забіць 9 галоў. Улетку Лапцеў перайшоў у расійскі клуб «Тосна», а «Славія» стала выступаць горш, неўзабаве наблізіўшыся да зоны вылету. Толькі пасля перамогі ў перадапошнім туры над «Гомелем» (3:1) мазыране гарантавалі месца ў Вышэйшай лізе на наступны сезон. У выніку каманда скончыла чэмпіянат на 10-м радку табліцы.
Сезон 2016 «Славія» прайшла роўна, але на прэтэндавала на высокія месцы, зноў спыніўшыся ў выніку на 10-м радку. Найбольш яркімі момантамі каманды сталі хатняя перамога над чэмпіёнам краіны БАТЭ (2:1), а таксама звышвыніковыя матчы з «Мінскам» — абодва скончыліся перамогамі гаспадароў з лікам 6:2.
Сезон 2017 атрымаўся для мазырскага клуба няўдалым. З пачатку сезона каманда апынулася ўнізе табліцы, аднак мела пеавагу перад «Нафтанам» і «Іслаччу», якія пачалі чэмпіянат з ачковымі штрафамі. У другой палове сезона «Славія» атрымала ўсяго адну перамогу, у той час як «Іслач» стала набіраць ачкі і, перагнаўшы мазырскую каманду, пакінула яе на 15-м месцы. Перад апошнім турам галоўны трэнер Юрый Пунтус быў адхілены ад кіравання камандай, аднак пад кіраўніцтвам Міхаіла Марціновіча «Славія» саступіла ў апошнім туры «Тарпеда-БелАЗ» (0:2), засталася на перадапошнім радку і вылецела ў Першую лігу.
Перад сезонам 2018 Міхаіл Марціновіч быў зацверджаны галоўным трэнерам. Клуб здолеў захаваць асноўных ігракоў, у тым ліку легіянераў Ігара Кастрова і Максіма Слюсара, аднак пры гэтым больш шанцаў атрымала моладзь. Нягледячы на няўдалы старт, «Славія» хутка далучылася да шэрагу лідараў і ў барацьбе з «Энергетыкам-БДУ» і «Белшынай» выйшла пераможцам, за тур да фінішу забяспечыўшы сабе першы радок. «Славія» стала таксама першай камандай у Вышэйшай і Першай лігах Беларусі з часу іх заснавання ў 1992 годзе, якая за сезон не пацярпела ніводнага паражэння.
Сезон 2019 у Вышэйшай лізе каманда пачала добра, аднак у другой палове сезона вынікі сталі пагаршацца. Тым не менш, паспяховы фініш дазволіў «Славіі» заняць восьмы радок. Сезон 2020 каманда праводзіла пераважна ў ніжняй палове табліцы і ў выніку стала дзявятай. Сезон 2021 пачаўся для каманды дрэнна, яна доўгі час знаходзілася ў зоне вылету, пазней добры адрэзак дазволіў адарвацца ад апошніх радкоў, але ў выніку «Славія» фінішавала на 14-м месцы і толькі дзякуючы перамозе ў стыкавых матчах супраць «Крумкачоў» захавала месца ў Вышэйшай лізе. У 2022 годзе «Славія» звычайна знаходзілася ў сярэдзіне табліцы, аднак у другой палове сезона вынікі пагоршыліся, і пасля няўдалай серыі (чатыры паражэнні запар) у кастрычніку замест Марціновіча новым глоўным трэнерам быў прызначаны Іван Біёнчык. Чэмпіянат мазыране скончылі дзясятымі.